Ist staatlich geprüfter Lebensmittelchemiker und als Professor für Lebensmittelchemie und Institutsdirektor an der Universität Hamburg tätig. Er ist seit 2011 Gründer und Leiter der Hamburg School of Food Science. Markus Fischer ist Mitglied in verschiedenen wissenschaftlichen Beiräten (BfR, BLL, FEI; IAEAC), deutscher Delegierter der European Food Chemistry Division, Vorsitzender der Arbeitsgruppe Hochschullehre der GDCH und seit 2014 Mitglied des Vorstandes der Lebensmittelchemischen Gesellschaft.
 
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