Markus Wiedenmann war zunächst im Hygienekontrolldienst eines Gesundheitsamtes in der Epidemiologie und behördlichen Hygieneaufsicht tätig. Nach dem Praxisstudium zum Fachwirt im Sozial- und Gesundheitswesen (IHK) und der Weiterbildung zur Fachkraft f. Arbeitssicherheit wechselte er in den Bereich Arbeitsschutz als leitende Fachkraft für Arbeitssicherheit und Arbeitshygiene. In der HTW- Hygieneakademie Augsburg bildet er Hygienefachpersonal wie z. B. Desinfektoren, Fachtechniker für Hygienemanagement aus. Als Sachverständiger im Hygienemanagement berät und betreut er Einrichtungen des Sozial- und Gesundheitswesens, und berät als Fachberater Rettungsdienste und Feuerwehren im Bereich Einsatzhygiene. In dieser Funktion war er 2014 konzeptionell während der Ebola-Krise im Rettungsflieger "Robert Koch" im Auftrag der Bundesregierung tätig.