Anja Töpper studierte Agrarbiologie, Fachrichtung Nutztierwissenschaften an der Universität Stuttgart-Hohenheim. Ihre Studienschwerpunkte lagen dabei auf Tierernährung und Futtermittelkunde. Sie ist am Landwirtschaftlichen Technologiezentrum (LTZ) Augustenberg, in Karlsruhe als Referatsleiterin Futtermittel tätig und dort für die eingehenden Futtermittelproben verantwortlich, die v.a. im Rahmen der amtlichen Überwachung untersucht werden.
Anja Töpper ist stellvertretende Vorsitzende der Fachgruppe "Futtermitteluntersuchung" im Verband der Deutschen Landwirtschaftlichen Untersuchungs- und Forschungsanstalten (VDLUFA) und arbeitet in weiteren Gremien zum Thema Tierernährung und Futtermittelkunde (u.a. DLG-Kommission Gütezeichen Mischfutter, DLG Arbeitskreis Futter und Fütterung).